Chères et chers collègues,
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
Pour cette 4ème édition, nous accueillerons Françoise Irlinger, Mahendra Mariadassou et Céline Delbès
Migalez-vous le jeudi 07 Novembre 2024 de 14h à 15h00 via https://inrae-fr.zoom.us/j/92980715213
Titre : "Fromages et laits AOP : une analyse de grande ampleur révèle leur diversité microbienne en lien avec les pratiques de production"
Résumé :
Les fromages d'appellation d'origine protégée (AOP) sont généralement considérés comme des produits fermentés non standardisés de haute qualité dont la richesse sensorielle résulte de la diversité des conditions de production et de transformation du lait. Dans cette étude, l’objectif est de caractériser la diversité des communautés microbiennes des fromages et des laits associés, et d’identifier les facteurs de leur structuration en lien avec la biogéographie, la gestion des troupeaux et les pratiques de transformation fromagère. Cette étude fait partie de la première phase du projet MetaPDOcheese (2017-2023), lauréat des grands projets de séquençage de France Génomique 2017 et porté par INRAE (unités SAYFOOD et UMRF) en collaboration étroite avec d’autres laboratoires INRAE (Maiage, SPO) et les professionnels fromagers.
Grâce à la contribution des filières AOP, 1 145 fromages AOP (croûte et cœur) et 370 laits associés ont été échantillonnés couvrant la diversité des 44 fromages AOP affinés français avant d’être caractérisés en métagénétique (V3-V4 et ITS2) pour étudier leurs communautés bactériennes et fongiques. Le séquençage a produit plus de 2.4 milliards de lectures réparties sur plus de 5500 échantillons, qui ont nécessité un traitement bioinformatique et un travail de curation. Ces données d’abondances sont d’autant plus riches qu’elles sont associées à des métadonnées (plusieurs dizaines) sensibles fournies par les filières portant sur les pratiques de production utilisées pour chaque fromage testé. Pour faciliter l’exploration préliminaire des données, une application Shiny à usage interne a également été développée.
Au total, 1 230 espèces bactériennes et 1 367 espèces fongiques ont été identifiées dans les échantillons de lait, avec des variations en fonction de l'espèce laitière. Dans les fromages, 820 espèces bactériennes et 333 espèces fongiques ont été identifiées. En moyenne, près de 15 % des espèces bactériennes et 41 % des espèces fongiques identifiées dans un fromage étaient également présentes dans le lait de cuve. Le microbiote du fromage diffère en termes de richesse et de composition entre les sept familles de fromage et au sein des familles, et en fonction des labels AOP. Des facteurs structurants secondaires, tels que l'espèce laitière, la zone géographique et les pratiques d'affinage du fromage, ont également été mis en évidence, démontrant une contribution de la biogéographie et du savoir-faire spécifique à l'AOP dans la formation du microbiote du fromage.
Ensuite, un temps d'échange sera proposé avec les membres de la plateforme.
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
Pour cette 4ème édition, nous accueillerons Françoise Irlinger, Mahendra Mariadassou et Céline Delbès
Migalez-vous le jeudi 07 Novembre 2024 de 14h à 15h00 via https://inrae-fr.zoom.us/j/92980715213
Titre : "Fromages et laits AOP : une analyse de grande ampleur révèle leur diversité microbienne en lien avec les pratiques de production"
Résumé :
Les fromages d'appellation d'origine protégée (AOP) sont généralement considérés comme des produits fermentés non standardisés de haute qualité dont la richesse sensorielle résulte de la diversité des conditions de production et de transformation du lait. Dans cette étude, l’objectif est de caractériser la diversité des communautés microbiennes des fromages et des laits associés, et d’identifier les facteurs de leur structuration en lien avec la biogéographie, la gestion des troupeaux et les pratiques de transformation fromagère. Cette étude fait partie de la première phase du projet MetaPDOcheese (2017-2023), lauréat des grands projets de séquençage de France Génomique 2017 et porté par INRAE (unités SAYFOOD et UMRF) en collaboration étroite avec d’autres laboratoires INRAE (Maiage, SPO) et les professionnels fromagers.
Grâce à la contribution des filières AOP, 1 145 fromages AOP (croûte et cœur) et 370 laits associés ont été échantillonnés couvrant la diversité des 44 fromages AOP affinés français avant d’être caractérisés en métagénétique (V3-V4 et ITS2) pour étudier leurs communautés bactériennes et fongiques. Le séquençage a produit plus de 2.4 milliards de lectures réparties sur plus de 5500 échantillons, qui ont nécessité un traitement bioinformatique et un travail de curation. Ces données d’abondances sont d’autant plus riches qu’elles sont associées à des métadonnées (plusieurs dizaines) sensibles fournies par les filières portant sur les pratiques de production utilisées pour chaque fromage testé. Pour faciliter l’exploration préliminaire des données, une application Shiny à usage interne a également été développée.
Au total, 1 230 espèces bactériennes et 1 367 espèces fongiques ont été identifiées dans les échantillons de lait, avec des variations en fonction de l'espèce laitière. Dans les fromages, 820 espèces bactériennes et 333 espèces fongiques ont été identifiées. En moyenne, près de 15 % des espèces bactériennes et 41 % des espèces fongiques identifiées dans un fromage étaient également présentes dans le lait de cuve. Le microbiote du fromage diffère en termes de richesse et de composition entre les sept familles de fromage et au sein des familles, et en fonction des labels AOP. Des facteurs structurants secondaires, tels que l'espèce laitière, la zone géographique et les pratiques d'affinage du fromage, ont également été mis en évidence, démontrant une contribution de la biogéographie et du savoir-faire spécifique à l'AOP dans la formation du microbiote du fromage.
Ensuite, un temps d'échange sera proposé avec les membres de la plateforme.