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Cette actualité sera mise à jour régulièrement pour vous informer de l'inclusion des nouveau noeuds

This news item will be updated continuously to reflect the inclusion of new nodes

 

Comme annoncé précédemment, nous avons basculé cet après-midi sur le nouveau cluster de calcul.

Ce qui ne change pas :

  • Vos données sont toujours au même endroit
  • L'accès à Galaxy reste identique 

Pour rappel, voilà ce qui change :

  • Les serveurs et nœuds de calcul sont sous Ubuntu LTS 24.04
  • Une partie du cluster a été renouvelée
  • R (4.4.3) et Rstudio(12.1), ont été mis à jour l’ensemble des paquets R ont été mis à jour également.
  • Les outils ont été ré-installés sous Conda dans leur dernière version disponible
  • Vous êtes susceptible de rencontrer une alerte à la première connexion au nouveau frontal (Voir la FAQ pour le résoudre)

Actuellement seules les queues short et long ont été rétablies avec les configurations suivantes 

Queue

Limite

Noeuds

Coeurs

Mémoire par Nœud

short.q

12h 

11

1408

1To

long.q

120h

9

1152

1To

bigmem.q

Pas de limite

Accès sur demande

-

-

-

highmem.q

Pas de limite

Accès sur demande

1

256

4To

infinit.q

Pas de  limite

5

320

256Go

 

Les nœuds les plus récents de l’ancien cluster seront progressivement réinstallés sous Ubunutu et ajoutés au nouveau cluster de calcul au cours des prochaines semaines. A terme le cluster aura au total  4096 cœurs de calcul associés à plus de 12To de RAM.

Nous avons fait le choix de réinstaller uniquement les outils les plus récents et les plus utilisés. Si des outils vous manquent, demandez leur installation par le biais du formulaire dédié sur le site web, nous les réinstallerons aussi rapidement que possible.

Pour tout autre problème lors de l’utilisation de ce nouveau cluster, n’hésitez pas à nous contacter (help-migale@inrae.fr)

Il est probable que vous rencontriez cette erreur à la première reconnexion :

C’est tout à fait normal et du au fait que le serveur front.migale.inrae.fr a été changé. Le système vous prévient de ce changement pour éviter une usurpation.

Pour pouvoir vous connecter, il vous suffit d’executer la commande suivante dans un terminal :

`ssh-keygen -R front.migale.inrae.fr`

Si le message persiste, contactez nous ( help-migale@inrae.fr)

____________________________________

 

As previously announced, we switched this afternoon to the new computing cluster.

 

What doesn't change:

As a reminder, here is the changes that will impact you:

- The server and compute nodes are under Ubuntu LTS 24.04

- Part of the cluster has been renewed

- R (4.4.3) and Rstudio (2024.12.1), have been updated. all the R packages have been updated too.

- The tools have been re-installed under Conda in their last available version

- You might encounter a warning at your first ssh connection (See FAQ on how to fix it)

 

Currently only the short and long queues have been restored with the following configurations 

Queue

Limit

Nodes

Cores

Memory per node

short.q

12h 

11

1408

1To

long.q

120h

9

1152

1To

bigmem.q

No limit.

Acces on demand

-

-

-

highmem.q

No limit.

Acces on demand

 

1

256

4To

infinit.q

No limit

5

320

256

 

The newest nodes from the old cluster will be progressively reinstalled under Ubunutu and added to the new compute cluster over the next weeks. Eventually the cluster will have a total of 4096 compute cores associated with over 12TB of RAM.

 We have chosen to reinstall only the most recent and most used tools. If you miss some tools, ask for their installation through the dedicated form on the website , we will reinstall them as quickly as possible.

For any other problem when using this new cluster, please contact us (help-migale@inrae.fr)

You are likely to encounter this error the first time you reconnect:

 

This is completely normal and is due to the fact that the front.migale.inrae.fr server has been

changed. The system warns you of this change to avoid usurpation.

To connect, simply run the following command in a terminal:

` ssh-keygen -R front.migale.inrae.fr`

If the message persists, please contact us ( help-migale@inrae.fr)